Karakterisasil DNA Dan Sekuensing Daerah Internal Transcribe Spacer (ITS-l DAN ITS-2) RDNA Trichoderma sp. TNJ63

Abstract

Trichoderma sp. TNJ63 merupakan fungi tanah yang diisolasi dari tanah perkebunan jeruk di Riau dan memiliki sifat antagonistik yang tinggi teiiiadap beberapa spesies mikroba sehingga dapat digunakan s e b a ^ agen biokontro] tanaman. Kapang ini tidak hanya mampu menghasilkan enzim ekstraselular dan antibiotik yang berperan sebagai senyawa antimikroba, namun juga mampu menghambat pertumbuhan fungi patogen. ApHkasi Trichoderma sp. TNJ63 dalam produksi enzim, biokontrol, dan produksi metabolit sekunder beihubun^ erat dengan identifikasi dan klasifikasi spesies yang tepat. Identifikasi Trichoderma sp. TNJ63 baru dilakukan secara morfologi yang diidentifikasi sebagai Trichoderma viride. Identifikasi secara morfologi sering tidak tepat dalam identifikasi dan klasifikasi spesies sehingga perlu ditambah dengan data molekuler yang dapat memberikan kepastian. Salah satu caranya adalah dengan analisis sekuensing urutan ribosomal DNA pada daerali Internal Transcribe Spacer (US), yaitu sekuens daerah ITS-l dan ITS-2 dari rDNA. Identifikasi dan klasifikasi Trichoderma sp. TNJ63 diawali dengan isolasi DNA kromosomal menggunakan enzim litikase dan metoda kit Wizard Genomic ex. Promega. Karakterisasi DNA kromosomal isolat terdiri dari penentuan berat molekul DNA secara elektroforesis, kemumian DNA dan titik leleh DNA secara spektrofotometri pada A260 dan A280, serta %(G+C) DNA. Daerah lTS-1 dan ITS-2 dari isolat DNA kromosomal diamplifikasi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan kombinasi primer 1X85-1184 dan 1X81-1X84, lalu urutan DNAnya ditentukan menggunakan primer IXS2, IXS3, 1X84, dan 1X85 pada Lembaga Biologi Molekular Eijkman di Jalarta. Ekstraksi DNA kromosomal Trichoderma sp. XNJ63 berfaasil baik pada miselium berumur maksimum 4 hari dan berat molekul DNA yang tertsolasi adalah 12.611 pb. Berdasarkan rasio PimJf^zm diperoleh nilai sebesar 1,802 yang menunjukkan DNA hasil isolasi cukup mumi. Xitik leleh {Tm) DNA Trichoderma sp. XNJ63 adalah 66"C sehingga diperoleh %(G+C) sebesar 5,61%. Amplifikasi PCR menggunakan primer 1X85-1X84 berhasil baik dengan memberikan produk sebesar 527 pb, namun kurang baik pada kombinasi prin^r IXS1-IXS4. Hasil sekuensing yang diperoleh menunjukkan sekuensing produk PCR IXS5-IX84 berhasil baik menggunakan primer IXS5 dengan pembacaan yang baik sebesar 390 pb, namun kurang baik pada sekuens menggunakan primer 1X84. Hasil sekuens dauerah 1X8-1 dan 1X8-2 diverifikasi dengan mensekuens produk PCR 1X85-1X84 menggunakan primer 1X82 dan 1X83. Hasil akhir diperoleh sekuens lengkap daerah rDNA yang meliputi sebagian kecil ujung 3' 188 rDNA, 1X8-1,5,88 rRNA, 1X8-2, dan sebagian kecil ujung 5' 288 rDNA sebesar 636 pb.