Abstract:
Trichoderma sp. TNJ63 merupakan fungi tanah yang diisolasi dari tanah
perkebunan jeruk di Riau dan memiliki sifat antagonistik yang tinggi teiiiadap
beberapa spesies mikroba sehingga dapat digunakan s e b a ^ agen biokontro]
tanaman. Kapang ini tidak hanya mampu menghasilkan enzim ekstraselular dan
antibiotik yang berperan sebagai senyawa antimikroba, namun juga mampu
menghambat pertumbuhan fungi patogen. ApHkasi Trichoderma sp. TNJ63 dalam
produksi enzim, biokontrol, dan produksi metabolit sekunder beihubun^ erat
dengan identifikasi dan klasifikasi spesies yang tepat. Identifikasi Trichoderma
sp. TNJ63 baru dilakukan secara morfologi yang diidentifikasi sebagai
Trichoderma viride. Identifikasi secara morfologi sering tidak tepat dalam
identifikasi dan klasifikasi spesies sehingga perlu ditambah dengan data molekuler
yang dapat memberikan kepastian. Salah satu caranya adalah dengan analisis
sekuensing urutan ribosomal DNA pada daerali Internal Transcribe Spacer (US),
yaitu sekuens daerah ITS-l dan ITS-2 dari rDNA.
Identifikasi dan klasifikasi Trichoderma sp. TNJ63 diawali dengan isolasi
DNA kromosomal menggunakan enzim litikase dan metoda kit Wizard Genomic
ex. Promega. Karakterisasi DNA kromosomal isolat terdiri dari penentuan berat
molekul DNA secara elektroforesis, kemumian DNA dan titik leleh DNA secara
spektrofotometri pada A260 dan A280, serta %(G+C) DNA. Daerah lTS-1 dan
ITS-2 dari isolat DNA kromosomal diamplifikasi dengan Polymerase Chain
Reaction (PCR) menggunakan kombinasi primer 1X85-1184 dan 1X81-1X84, lalu
urutan DNAnya ditentukan menggunakan primer IXS2, IXS3, 1X84, dan 1X85
pada Lembaga Biologi Molekular Eijkman di Jalarta.
Ekstraksi DNA kromosomal Trichoderma sp. XNJ63 berfaasil baik pada
miselium berumur maksimum 4 hari dan berat molekul DNA yang tertsolasi
adalah 12.611 pb. Berdasarkan rasio PimJf^zm diperoleh nilai sebesar 1,802 yang
menunjukkan DNA hasil isolasi cukup mumi. Xitik leleh {Tm) DNA
Trichoderma sp. XNJ63 adalah 66"C sehingga diperoleh %(G+C) sebesar 5,61%.
Amplifikasi PCR menggunakan primer 1X85-1X84 berhasil baik dengan
memberikan produk sebesar 527 pb, namun kurang baik pada kombinasi prin^r
IXS1-IXS4. Hasil sekuensing yang diperoleh menunjukkan sekuensing produk
PCR IXS5-IX84 berhasil baik menggunakan primer IXS5 dengan pembacaan yang
baik sebesar 390 pb, namun kurang baik pada sekuens menggunakan primer 1X84.
Hasil sekuens dauerah 1X8-1 dan 1X8-2 diverifikasi dengan mensekuens produk
PCR 1X85-1X84 menggunakan primer 1X82 dan 1X83. Hasil akhir diperoleh
sekuens lengkap daerah rDNA yang meliputi sebagian kecil ujung 3' 188 rDNA,
1X8-1,5,88 rRNA, 1X8-2, dan sebagian kecil ujung 5' 288 rDNA sebesar 636 pb.
